Sistem kekebalan tubuh justru menyerang jaringan tubuh sendiri. Hal ini karena sistem itu tidak bisa membedakan sel-sel asing dengan sel-sel tubuh sendiri. Akibatnya adalah reaksi peradangan yang parah. Hampir semua organ atau jaringan dapat mengalami kerusakan, dari mulai syaraf, otak, mata, jantung, persendian, sampai otot-otot di seluruh tubuh. Penyakit Crohn,lupus, rheumatoid arthritis (rematik), multiple sclerosis (MS) dan diabetes tipe 1 adalah contoh-contoh penyakit autoimun yang paling terkenal.
Meskipun telah dilakukan banyak riset yang intensif, para ahli belum berhasil mengetahui secara pasti penyebab penyakit autoimun. Namun, diketahui bahwa ada sejumlah faktor risiko yang berperan. Selain kecenderungan genetik, infeksi dan faktor lingkungan turut berperan penting sebagai pemicu penyakit autoimun.
1. Genetik. Penyakit autoimun cenderung diwariskan dalam keluarga. Pada studi kembar diketahui bahwa jika seorang kembar identik menderita penyakit autoimun, kembarannya kemungkinan 30 50 persen juga menderita penyakit yang sama. Tapi tidak 100 persen, yang berarti bahwa gen tidak sepenuhnya bertanggung jawab atas timbulnya penyakit. Seringkali, penderita dapat mengkompensasi cacat genetik dan dia hidup normal tanpa penyakit autoimun.2. Infeksi.
Sistem kekebalan yang rapuh dapat rusak oleh faktor pemicu seperti infeksi virus. Hal ini mungkin terjadi karena kelemahan genetik menyebabkan sistem kekebalan tubuh tidak dapat mengatasi virus tertentu.
Mereka kesulitan membedakan protein virus dengan protein tubuh dan menyerang keduanya, seperti tentara yang tidak bisa membedakan pasukan musuh dan rakyat sehingga menembaki keduanya. Virus Epstein Barr diduga menjadi pemicu multiple sclerosis.
Pemicu lain adalah virus Coxsackie, yang juga diduga memicu diabetes tipe 1.3. Lingkungan dan makanan. Dibandingkan dengan nenek moyang kita, kita jauh lebih banyak terpapar oleh berbagai zat kimia yang membanjiri sistem kekebalan tubuh kita. Ketika sel-sel kekebalan di dalam usus menyortir setiap zat yang kita makan apakah berbahaya dan tidak, kemungkinan terjadi kesalahan meningkat.
Penyakit autoimun dapat terjadi melalui reaksi kebingungan terhadap zat yang masuk, apakah berbahaya atau tidak. Rotavirus sangat mirip dengan molekul fotoreseptor tertentu di mata. Kebingungan ini diduga menyebabkan uveitis, yang pada akhirnya dapat merusak penglihatan.
